L’organisation dispose d’une instance suprême de prise de décision qui est l’assemblée générale. Elle regroupe l’ensemble des membres fondateurs. Elle indique la politique à adopter dans l’organisation et les dispositions générales en matière de management et de contrôle.

Ensuite suit le conseil d’administration qui est investi des missions de contrôle et d’orientation définie par l’assemblée générale.

Le Secrétariat Exécutif conduit la mise en œuvre des projets et programmes de l’organisation et rend compte au conseil d’administration. Il assure aussi les missions de représentation. La cellule de suivi et de contrôle de conformité veille sur l’éligibilité des interventions et des dépenses à exécuter. Elle donne son accord sur toutes les activités à dérouler en fonction des Grants et des prévisions budgétaires. En dernier lieu, il y a l’instance professionnelle qui est composée des chargés de programmes, des coordonnateurs et des agents de terrains